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Fiche Pratique : comprendre les IJSS nettes pour la maladie ordinaire
Fiche Pratique : comprendre les IJSS nettes pour la maladie ordinaire
Mis à jour cette semaine

La page “Détails des IJSS nettes pour maladie ordinaire” dans le logiciel PayFit vous permet de retrouver les principales informations concernant les IJSS nettes dont bénéficiera votre salarié pendant une absence pour motif de maladie ou d'accident de nature non professionnelle.

Dans cet article, nous allons décoder les principales informations disponibles sur cette page et vous aider à comprendre comment la lire.

1/ Bien comprendre la logique derrière les IJSS

Les IJSS dépendent de plusieurs facteurs. Si vous voulez comprendre la rémunération de l’un de vos salariés pendant son absence, il est important que vous ayez ces facteurs en tête.

Le rôle des IJSS

Un salarié malade et dans l’incapacité d’exercer son activité salariée subit naturellement une perte de revenus. Pour compenser cette perte, la Caisse Primaire d’Assurance Maladie (CPAM) lui verse des Indemnités Journalières de Sécurité Sociale (IJSS).

Les conditions pour bénéficier des IJSS

Pour être éligible aux IJSS, le salarié doit justifier d’une durée minimale de cotisations (à défaut, d’une durée minimale d’activité) variable selon que l’arrêt de travail dépasse ou non 6 mois.

Indemnisation des 6 premiers mois
Le salarié doit :

  • soit avoir cotisé au cours des 6 mois précédents sur la base d’une rémunération au moins équivalente à 1015 fois le montant du SMIC horaire ;

  • soit avoir effectué au moins 150 heures de travail salarié (ou assimilé salarié) sur les 3 mois civils ou les 90 jours précédents.

💡 Pour connaître le montant du SMIC en vigueur, rendez-vous ici.

Indemnisation après les 6 premiers mois
Le salarié doit :

  • être affilé à un régime de sécurité sociale depuis au moins 12 mois ;

  • ET avoir cotisé sur une rémunération au moins égale à 2030 fois le montant du SMIC horaire (ou effectué au moins 600 heures de travail salarié ou assimilé salarié) pendant les 12 mois civils ou les 365 jours précédents.

Le document justificatif de l’arrêt

L’arrêt maladie est justifié par un certificat médical d’arrêt de travail.

L’assuré social doit envoyer son certificat d’arrêt de travail à la CPAM dans les 2 jours suivant la date d’interruption du travail.

La prolongation de l’arrêt

Sauf cas de force majeure dûment justifié par l’assuré, la prolongation de l’arrêt de travail doit être décidée par le médecin prescripteur de l’arrêt initial ou le médecin traitant, sous peine de faire perdre à l’assuré son droit à indemnisation.

Il existe quelques exceptions : prolongation prescrite par un spécialiste consulté sur demande du médecin traitant, par le médecin remplaçant, à l’occasion d’une hospitalisation, etc.

La carence (délai avant que les IJSS ne puissent être versées)

L’arrêt de travail donne lieu au versement d’IJSS après 3 jours calendaires de carence, autrement dit : à partir du 4e jour d’arrêt de travail.

En cas d’affection de longue durée, ce délai de carence ne s’applique qu’une fois au cours d’une même période de 3 ans, lors du premier arrêt de travail.

Le taux utilisé pour calculer les IJSS

L’indemnité journalière de sécurité sociale est égale à 50 % du gain journalier de base.

La durée de versement des IJSS

Pour la maladie ordinaire et l’accident de travail de nature non professionnelle, l’assuré ne peut recevoir plus de 360 IJSS en l’espace de 3 ans, au titre d’une ou de plusieurs maladies.

Pour les affections de longue durée, les IJSS sont versées pendant une période maximale de 3 ans de date à date.

En cas de rechute pendant ce délai, l’indemnité est versée dès le premier jour d’arrêt de travail. Si l’assuré reprend le travail pendant au moins 1 an, une nouvelle période d’indemnisation de 3 ans recommence à courir.

Le versement des IJSS

Les IJSS sont versées directement par la CPAM à l’assuré, à moins que l’employeur utilise le principe de subrogation.

Le principe de subrogation

Les indemnités journalières sont en principe versées au salarié directement par la sécurité sociale. L'employeur n'a pas à en faire l'avance, ni à les faire figurer sur le bulletin de paie.

Il existe toutefois une possibilité de subrogation qui consiste pour l'employeur à avancer au salarié le montant des IJSS et à les percevoir ensuite de la CPAM à sa place.

Quelles sont les conditions pour mettre en place la subrogation ?

Maintien total du brut : s’il en fait la demande, l’employeur qui maintient le salaire en totalité est subrogé de plein droit dans la perception des IJSS.

Ce qui signifie que les IJSS lui seront versées directement par la caisse de sécurité sociale, sans qu’il ait à obtenir l’autorisation du salarié.

Maintien partiel du brut : Si le maintien de salaire (total ou partiel) se fait en complément des IJSS, l’assuré peut les percevoir directement, ou bien l’employeur peut les avancer, auquel cas il peut être subrogé.

👉 L’application de la subrogation de plein droit (sans accord du salarié) suppose que le salaire maintenu soit au moins égal au montant des IJSS.

💡 La subrogation n'est pas obligatoire : c'est la CCN, l'accord d'entreprise ou les cas d'usages au sein de l'entreprise qui prévoient une subrogation ou non.

En principe, la subrogation ne doit être appliquée que lorsqu'il y a un maintien employeur (total ou partiel) et des IJSS sur la même période.

Si vous souhaitez tout de même activer la subrogation lorsqu'il n'y a plus de maintien, cochez l'option "appliquer la subrogation en l'absence de maintien" dans les paramètres avancés.


👉 Attention, la subrogation n'est valable que dans la limite du montant du salaire maintenu par l'employeur : il ne peut pas conserver les IJSS si leur montant dépasse celui du salaire versé au salarié. Si c'est le cas, l'employeur doit verser le surplus des IJSS au salarié.
C’est à l’employeur de vérifier si les IJSS qui lui sont versées par la CPAM sont plus élevées que celles calculées par PayFit : dans ce cas, il faudra reverser le surplus sur le bulletin de salaire en contactant votre chargé de clientèle.

Comment paramétrer la subrogation dans PayFit ?

Consultez cette fiche pratique pour apprendre comment paramétrer la subrogation dans PayFit : Paramétrer la subrogation des IJSS.

2/ IJSS Brutes et IJSS nettes

Les IJSS ne sont pas soumises aux charges sociales, mais elles sont soumises à la CSG (Contribution Sociale Généralisée, taux de 6,20 %, dont 3,80 % déductibles) et à la CRDS (Contribution au Remboursement de la Dette Sociale, taux de 0,50 %), sans abattement d’assiette.

IJSS brutes - CSG-CRDS = IJSS nettes

Sur le bulletin de paie du salarié :

  • les IJSS brutes sont déduites du salaire brut ;

  • si l’employeur pratique la subrogation, le bulletin de paie affichera également les IJSS nettes que l’employeur avance au salarié (et dont il se fera rembourser par la CPAM).

3/ Comment se calculent les IJSS nettes ?

1️⃣ Le calcul des IJSS brutes

L’indemnité journalière de maladie non professionnelle se calcule en pourcentage d’un gain journalier de base.

Celui-ci varie en fonction de la périodicité de la paie du salarié.

  • Pour les salariés mensualisés : 1/91,25 des 3 dernières paies des mois civils antérieurs à l'arrêt de travail.

  • Pour le travail réglé à la semaine ou à la quinzaine : 1/84 des 6 ou des 12 dernières paies des mois civils antérieurs à l'arrêt de travail.

  • Pour le travail discontinu ou saisonnier : 1/365 du montant du salaire des 12 mois civils antérieurs à l'arrêt de travail.

Le salaire de référence pris en compte pour calculer les IJSS

Le salaire de référence est calculé sur la moyenne des salaires bruts des 3 mois qui précèdent l’arrêt de travail (ou des 12 mois précédant la cessation d'activité s’il s’agit d’une activité non continue).

Sont pris en compte dans le calcul du salaire brut de référence

  • le salaire brut soumis à cotisations ;

  • les heures supplémentaires ;

  • les primes et rappels de salaire ;

  • les congés payés et

  • les indemnités diverses inclus dans le mois de référence.

Dans le cas d’une nouvelle embauche datant de moins de 3 mois, les IJSS seront calculées à la fois en fonction des salaires perçus auprès de l’employeur précédent l’arrêt et ceux perçus auprès de l’employeur au moment de l’arrêt de travail.

Plafond du salaire de référence

Le salaire de référence pris en compte est calculé dans la limite de 1,8 fois le Smic mensuel brut (soit par exemple 3 243,24 € bruts sur la base du Smic au 1er novembre 2024).

Pour cet exemple, même si le salaire mensuel est supérieur à 3 243,24 €, l’indemnité journalière ne pourra pas excéder 53,31 € bruts.

💡 Pour connaître le montant du SMIC en vigueur rendez-vous ici.

Décompte de l’absence indemnisée

Les IJ sont dues pour chaque jour calendaire d'interruption de travail, y compris le samedi et le dimanche.

2️⃣ Le calcul des IJSS nettes à partir des IJSS brutes

Il suffit de déduire des IJSS brutes le montant de la CSG-CRDS, ce qui donne les IJSS nettes imposables.

Ces IJSS nettes imposables sont ensuite soumises au prélèvement à la source.

4/ Exemples de calcul d’IJSS

Exemple 1 - Calcul des IJSS pour un salaire inférieur ou égal à 1,8 fois le SMIC au 1er novembre 2024

Jusqu'à un salaire mensuel de 3 243,24 € en 2024, les indemnités journalières se calculent de la manière suivante :

  • Salaire journalier de base = total des salaires bruts des 3 derniers mois / 91,25

  • Indemnités journalières = salaire journalier de base * 50%

Examinons un salarié

  • dont le salaire brut mensuel est de 2 200€ (= inférieur à 1,8 SMIC mensuel au 1er novembre 2024) ;

  • absent pendant 10 jours calendaires.

Le calcul serait donc le suivant

  • Salaire journalier de base = (2 200 * 3 / 91,25) = 72,33€

  • Indemnités journalières = 72,33 * 50% = 36,16€ par jour d'indemnisation

  • Total des IJSS brutes pour 10 jours calendaires = 36,16 x 10 = 361,60€ brut

  • Total des IJSS nettes imposables pour 10 jours calendaires = 361,60€ d’IJSS brutes - la CSG-CRDS (6.70%) = 337,37 euros net.

Exemple 2 - Calcul des IJSS pour un salaire supérieur à 1,8 fois le SMIC au 1er novembre 2024 ou 3 243,24 € par mois

Les indemnités journalières de Sécurité sociale sont plafonnées et limitées au montant obtenu pour un salaire maximum de 3 243,24 € par mois.

En 2024, le plafond des indemnités journalières est fixé à 53,31 € par jour d'absence indemnisé.

Examinons un salarié :

  • dont le salaire brut mensuel est de 3500€ (supérieur à 1,8 SMIC mensuel au 1er novembre 2024) ;

  • absent pendant 10 jours calendaires.

Le calcul serait donc le suivant

  • Salaire journalier de base = (3500 * 3 / 91,25) = 115,07 €

  • Indemnités journalières = 115,07* 50% = 57,535 € par jour d'indemnisation

  • Cette indemnité doit être plafonnée à 53,31 € par jour d'indemnisation

  • Total des IJSS brutes pour 10 jours calendaires = 53,31 € x 10 = 533,10 € brut

  • Total des IJSS nettes imposables pour 10 jours calendaires = 533,10 € d’IJSS brutes - la CSG-CRDS (6.70%) = 497,38 euros net.

5/ Bien comprendre comment les IJSS et le maintien fonctionnent ensemble

Il est important de bien saisir comment les IJSS et le maintien se complètent afin de constituer l’indemnisation du salarié.

Voici les 4 cas de figure possibles

  • Cas 1️⃣ : l’employeur pratique la subrogation et les conditions pour bénéficier du maintien sont remplies

  • Cas 2️⃣ : l’employeur pratique la subrogation, mais il n’y a pas de maintien de salaire

  • Cas 3️⃣ : l’employeur ne pratique PAS la subrogation mais les conditions pour bénéficier du maintien sont remplies

  • Cas 4️⃣ : l’employeur ne pratique PAS la subrogation et il n’y a pas de maintien de salaire

Cas 1️⃣ : l’employeur pratique la subrogation et les conditions pour bénéficier du maintien sont remplies


L’employeur va donc maintenir (intégralement ou partiellement) le salaire du salarié pendant son absence, selon les règles de maintien qui s’applique dans son cas.

L’employeur va également avancer les IJSS au salarié.

Sur le bulletin de salaire, donc :

  • Les IJSS brutes seront déduites du salaire brut (puisqu’elles ne sont pas soumises aux cotisations).

  • La CSG-CRDS s’applique à ces IJSS brutes et donne le montant des IJSS nettes imposables.

  • Celles-ci sont ensuite soumises au Prélèvement à la Source.

  • Ces IJSS nettes imposées figurent en bas du bulletin de paie, dans la zone des primes et indemnités non soumises à cotisations.

Cas 2️⃣ : l’employeur pratique la subrogation, mais il n’y a pas de maintien de salaire

La situation sera exactement la même que dans le cas précédent, mais aucun maintien ne sera ajouté : seules les IJSS seront visibles sur le bulletin de paie.

Cas 3️⃣ : l’employeur ne pratique PAS la subrogation mais les conditions pour bénéficier du maintien sont remplies

Dans ce cas, PayFit estimera le montant des IJSS afin de déterminer le montant de l’indemnité de maintien.

Seule l’indemnité de maintien apparaîtra sur le bulletin de paie : aucune mention des IJSS ne sera faite.

Cas 4️⃣ : l’employeur ne pratique PAS la subrogation et il n’y a pas de maintien de salaire

En l’absence de maintien et de subrogation, seule l’absence sera indiquée sur le bulletin de paie.

La CPAM versera directement au salarié les IJSS.

Vos questions les plus fréquentes

🔍 Comment suivre les versement d’IJSS ?

Pour suivre l’avancement du remboursement du côté de la CPAM, consultez cette fiche pratique pour apprendre davantage : “Comment suivre les remboursements d'IJSS ?"

Il se peut que le traitement de l’attestation par la CPAM ne soit pas terminé. Vous pouvez vous référez au point suivant pour en savoir plus.

🔍 Comment savoir où en est le traitement de l’attestation de salaire pour ce salarié ?

L'attestation de salaire est une démarche indispensable pour déclencher les IJSS.

Pour connaître l'avancée du traitement d'une attestation de salaire, rendez-vous sur la fiche du salarié dans l'onglet "Congés & Absences" et cliquez sur "Accéder à l'espace Arrêts de travail" ou "Accéder à l'espace Arrivée d'un enfant". Repérez l'absence en question et référez vous au statut indiqué dans la colonne "Attestation de salaire". Au clic sur le statut, vous obtiendrez des détails sur celui-ci.

Depuis l’onglet “Organismes et déclarations” > “CPAM”, vous pouvez suivre le statut des attestations de salaire au niveau entreprise, tous salariés confondus.

Vous pouvez également vérifier le dépôt d’une attestation de salaire grâce à votre compte Net Entreprises.

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