Nous avons créé ce guide pour vous accompagner dans la gestion des arrêts de travail dans PayFit.

La première partie du guide (I) va vous aider à comprendre en quelques minutes comment ces arrêts sont gérés dans PayFit.

Les parties suivantes du guide vont traiter en détail des points clés de l’arrêt maladie qui entraînent le plus de questions parmi nos clients.

💡 A la fin de cette première partie du guide (I), vous trouverez des fiches pratiques disponibles gratuitement sur les sites Ameli.fr et Service public.fr pour vous aider à mieux comprendre les principes, les démarches et les spécificités de chacun des arrêts.
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💡 Vous trouverez également parmi ces ressources une liste de fiches pratiques destinées aux salariés : n’hésitez pas à leur envoyer ces fiches pour être certain que les démarches soient claires.

Lorsque vous devez gérer un type d’arrêt pour la première fois (par exemple, votre premier arrêt dans le cadre d’un congé maternité), nous vous recommandons fortement de lire d’abord la fiche pratique associée.

Pourquoi ? Parce que les démarches ne sont pas les mêmes en fonction du type d’arrêt.

Et, bien entendu, si vous avez la moindre question, n’hésitez pas à contacter nos équipes en utilisant le formulaire de demande !

C’est à vous, en tant qu’administrateur de vérifier les arrêts de travail ajoutés sur PayFit, ces informations clés vont avoir un impact important sur la paie du salarié.

Les salariés peuvent saisir eux-mêmes leur arrêt de travail, si vous avez activé cette option. Si vous ne l'avez pas activée, suivez la procédure suivante.

1️⃣ Lorsqu’un salarié vous a informé de son arrêt et vous a fourni son certificat médical associé, rendez-vous sur son profil dans PayFit.

2️⃣ Rendez-vous dans l’onglet “Congés & Absences” puis cliquez sur :

3️⃣ Repérez le bloc correspondant au type d'absence à renseigner puis cliquez sur le bouton “Ajouter”.

Le logiciel PayFit va alors vous guider pas à pas et vous expliquer les informations à saisir.

La toute première étape est de bien cerner le type d’arrêt dont il s’agit.
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1️⃣ Sélectionnez le motif approprié.

2️⃣ Indiquez ensuite s'il s'agit d'un arrêt initial ou d'un arrêt de prolongation (non demandé en cas d'absence liée à l'arrivée d'un enfant). Cette information figure en haut de l’avis d’arrêt de travail fourni par votre collaborateur.

3️⃣ Cas particuliers
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Vous pouvez préciser à cette étape s'il s'agit :

Ces informations ne vous seront pas demandées s'il s'agit d'une absence liée à l'arrivée d'un enfant.

Selon le type d'arrêt PayFit vous demandera certaines informations.
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Dates clés

Indiquez ici :

👉 Attention, lors de la saisie de l'arrêt, il est crucial que vous utilisiez exactement les mêmes informations que celles qui figurent sur l’arrêt de travail établi par le médecin.

Tout écart entre les informations que vous avez saisies et celles dont dispose la CPAM risque de retarder fortement l’indemnisation de votre salarié (ou celle de votre entreprise si vous appliquez la subrogation).

Remarquez que PayFit vous propose une option que vous pourrez utiliser plus tard, dans le cas où le salarié doit reprendre de manière anticipée (plus tôt que la date de retour prévue).

Puisque vous êtes en train d’ajouter le premier arrêt, ignorons pour l’instant ces deux options.

Cette étape vous permet d’ajouter, si vous le souhaitez, des documents : par exemple, une copie du certificat fourni par votre salarié. Les documents téléchargés seront consultables dans un dossier dédié.

Ce document est particulièrement important car il est nécessaire au versement des indemnités journalières de sécurité sociale.

Vous avez deux possibilités.

1️⃣ Vous pouvez confier à PayFit la transmission de cette attestation de salaire à la Caisse Primaire d'Assurance Maladie (CPAM). Dans ce cas, choisissez l'option "Je préfère que PayFit s’en occupe".

2️⃣ Vous pouvez transmettre directement à la CPAM cette attestation via Net-Entreprises. Dans ce cas, choisissez l'option "Je souhaite l’envoyer moi-même".
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​👉 Pour les arrêts de travail de type maladie ordinaire
Le choix pour l’envoi de l’attestation de salaire se trouve dans la dernière étape “Récapitulatif”. Par défaut, c’est PayFit qui génère et transmet l’attestation de salaire à la CPAM.
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Une fois les données de l'arrêt de travail saisies, vous trouverez les informations relatives à son indemnisation.

👉 Pour les arrêts de travail de type maladie ordinaire

Vous allez pouvoir connaître le montant que votre salarié va toucher pendant son absence et en savoir plus en cliquant sur "Plus de détails". Vous obtiendrez le détail de calcul des IJSS et celui du maintien employeur.

Un tableau vous présentera également les différentes périodes d'indemnisation.

Vous allez pouvoir connaître le montant que va vous coûter cette absence et en savoir plus en cliquant sur "Plus de détails"

💡Les montants présentés correspondent à l'ensemble de l'absence, et non uniquement à la période du mois en cours (dans le cas d'un arrêt sur plusieurs mois).
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Ici on vous présente comment va se décomposer l’indemnisation du salarié pendant cet arrêt.

Plusieurs mécanismes vont entrer en jeu : IJSS, Carence, Maintien, Salaire de référence pour le calcul des indemnités, règles conventionnelles, etc.

Si ces termes ne vous sont pas familiers, prenez le temps de consulter les parties suivantes du guide qui vous les présenteront.

💡 Vous pouvez cocher la case “Plus de détails sur les compteurs de jour de maintien“ pour afficher plus de précisions.

Depuis la loi du 23 avril 2024, des règles spécifiques d'acquisition de congés payés s'appliquent selon la nature de l'arrêt, dont les principales sont :

👉 Tous les arrêts de travail pour maladie ou accident, professionnels ou non, sont considérés comme du temps de travail effectif. Ils sont donc pris en compte pour le calcul des jours de congés payés selon des règles spécifiques.

Elles dépendent du contexte, de votre entreprise ou du type d’absence.

Suivez simplement les instructions qui apparaissent à l’écran et, en cas de doute, consultez le centre d’aide ou contactez nos équipes.

📄 Arrêt de travail pour maladie ordinaire (ameli.fr)

📄 Maladie professionnelle (ameli.fr)

📄 Accident du travail ou de trajet (ameli.fr)

📄 Le congé maternité (ameli.fr)

📄 Le congé paternité (ameli.fr)

📄 Le congé d’adoption (ameli.fr)

📄 L’attestation de salaire (ameli.fr)

📄 Arrêt maladie ordinaire (service-public.fr)

📄 Accident du travail (service-public.fr)

📄 Accident de trajet (service-public.fr)

📄 Maladie professionnelle (service-public.fr)

📄 Congé maternité (service-public.fr)

📄 Congé paternité (service-public.fr)

📄 Congé d’adoption (service-public.fr)

📄 Arrêt maladie : les démarches du salarié (ameli.fr)

📄 Accident du travail ou de trajet : les démarches du salarié (ameli.fr)

📄 Maladie professionnelle : votre prise en charge (ameli.fr)

📄 Les affections de longue durée (ALD) (ameli.fr)

📄 Maternité, Paternité et Adoption (ameli.fr)

Pendant un arrêt de travail, le contrat du salarié est considéré comme suspendu.

Le salarié peut (sous certaines conditions) recevoir des indemnités journalières de la sécurité sociale (IJSS) qui viendront compenser la perte de salaire subie pendant l’arrêt, ainsi qu'un complément de salaire de la part de son employeur. En principe, les IJSS sont versées au salarié par sa caisse primaire d'assurance maladie (CPAM). Cependant, elles peuvent être versées à l’employeur lorsqu’il pratique la subrogation, c’est-à-dire que l’employeur verse lui-même au salarié le montant des IJSS qu’il perçoit de la part de la sécurité sociale.

Le motif de l’arrêt va avoir un impact sur…

💡En cas de doute, vous pouvez retrouver des fiches pratiques à la fin de cette partie III, disponibles gratuitement sur le site service-public.fr et qui reprennent les principaux paramètres dictés par le cadre légal pour chaque type d’arrêt.

Et pour plus de détails sur le calcul des IJSS, n’hésitez pas à consulter nos fiches pratiques dédiées :

Le délai de carence est simplement la période entre le premier jour d’arrêt de travail et le jour où le salarié pourra commencer à être indemnisé.

Un “délai de carence de 3 jours” par exemple signifie simplement que votre salarié ne peut commencer à percevoir des indemnités qu’à partir du 4ème jour d’arrêt.

L’indemnisation dans le cas d’un arrêt pour …

📄 Maladie ordinaire

📄 Accident du travail

📄 Maladie professionnelle

📄 Congé maternité

📄 Congé d’adoption

En plus de ces Indemnités Journalières versées par la Sécurité Sociale (IJSS), le salarié peut recevoir des Indemnités Complémentaires versées par son employeur : on parle de maintien employeur.

Vous pouvez retrouver, dans les liens partagés ci-dessus, les règles spécifiques à ce maintien employeur dans les rubriques “Indemnité complémentaire versée par l’employeur”.

Comme pour les Indemnités Journalières de la Sécurité Sociales (IJSS), ce n’est pas toujours le cadre légal qui s’appliquera : la convention collective par exemple peut imposer un fonctionnement différent pour le maintien.

Les montants et la durée de versement du maintien employeur varient en fonction :

Exemple tiré du site service-public.fr pour un salarié en arrêt maladie ordinaire, selon le cadre légal

Dans l’exemple ci-dessus : un salarié comptabilisant 1 à 5 ans d'ancienneté dans l’entreprise pourra bénéficier du maintien employeur pendant 60 jours (consécutifs ou non) pendant un an.

Pendant les 30 premiers jours, le salarié recevra un maintien qui, en complément des IJSS, lui assurera 90% de la rémunération qu’il aurait dû normalement percevoir.

Montant du maintien + Montant des IJSS = 90% de la rémunération

Puis, pendant les 30 jours suivants, le salarié recevra un maintien qui, en complément des IJSS, lui assurera 66,66% (= ⅔) de la rémunération qu’il aurait dû normalement percevoir.

💡 Ce fonctionnement peut parfois amener à ce que le salarié perçoive plus, pendant son arrêt, qu’en temps normal : puisque les IJSS sont exonérées de certaines charges, un maintien à 100% résulte en un salaire net supérieur au net habituel. Cependant, certaines conventions collectives prévoient un maintien sur la base du salaire net. Dans ce cas, une ligne d’ajustement apparaît sur le bulletin afin que le salarié en arrêt n’ait pas un salaire supérieur à son net habituel.

Le montant de l’indemnité que va percevoir le salarié pendant son arrêt de travail est tout simplement un pourcentage du salaire qu’aurait dû percevoir ce salarié en théorie (on parle de "salaire de référence").

Salaire de référence * Taux d’indemnisation = Montant de l’indemnité

Ce salaire de référence est lui-même calculé en fonction des salaires bruts que l’employé a perçus pendant le ou les mois précédent(s) (selon le type d’arrêt).

Le taux d’indemnisation dépend lui aussi du type d’arrêt.

Le montant de l’indemnité peut également être soumis à des plafonds et des planchers.

💡 Ce qu’il faut retenir

L’indemnité que va percevoir le salarié dépend en grande partie :

Si l'indemnisation calculée par PayFit vous surprend (dans son montant, dans ses délais ou autres), vérifiez d’abord que vous avez saisi les bonnes informations puis consultez votre convention collective ou vos accords.

Lorsque vous examinerez les indemnités calculées par PayFit après avoir ajouté un arrêt de travail, vous serez peut-être surpris de constater qu’elles ne correspondent pas à celles auxquelles vous vous attendiez en consultant le cadre légal.

Il faut bien comprendre que le cadre légal n’est pas le seul à définir le fonctionnement de ces indemnités : votre convention collective, des accords collectifs ou des accords de branche peuvent imposer un fonctionnement différent.

Or, dans ce contexte, c’est le fonctionnement le plus favorable au salarié qui devra être appliqué.

C’est une notion très importante à connaître : si vous constatez des écarts entre ce qu’affiche PayFit et ce que dicte le cadre légal (dans le montant, le délai de carence, le maintien, etc.), il est important de vérifier d’abord si ce n’est pas votre convention collective (ou un accord) qui s’applique dans cette situation pour ce salarié.

La subrogation est un dispositif qui permet de simplifier le versement des indemnités au salarié.

En temps normal, le salarié peut recevoir deux types d’indemnités pendant son arrêt.

Si l’employeur choisit de mettre en place la subrogation, alors l’employeur va “avancer” les IJSS au salarié : il les versera en même temps que le maintien employeur puis se fera rembourser par la CPAM (à la place du salarié).

L’attestation de salaire est un document important puisqu’il permet de déterminer le droit d’un salarié aux indemnités journalières (IJSS) et d'en calculer le montant.

En tant qu'employeur, il est de votre responsabilité d'établir et d'envoyer les attestations de salaire suite aux arrêts de travail de vos salariés.

💡 PayFit peut générer et transmettre cette attestation de salaire pour vous. Pour cela, utilisez l’option "Je préfère que PayFit s’en occupe".

👉 Si vous choisissez que PayFit prenne en charge la gestion de l'attestation de salaire, il ne faut pas transmettre une attestation à la CPAM, de votre côté. Cela génère des doublons et ralentit le remboursement des indemnités.

Lorsque vous choisissez que PayFit génère et transmette pour vous l’attestation de salaire, nous transmettons les informations de cette attestation à la CPAM via une DSN événementielle.

Nous ne générons donc pas un document PDF, mis en page, que vous pourriez par exemple imprimer. Les informations sont en réalité télétransmises aux organismes sous forme de blocs et de lignes.

Pour connaître l'avancée du traitement d'une attestation de salaire, rendez-vous sur la fiche du salarié dans l'onglet "Congés & Absences" et cliquez sur "Accéder à l'espace Arrêts de travail" ou "Accéder à l'espace Arrivée d'un enfant". Repérez l'absence en question et référez vous au statut indiqué dans la colonne "Attestation de salaire". En cliquant sur le statut, vous obtiendrez plus de détails sur celui-ci.

Depuis l’onglet “Organismes et déclarations” > “CPAM”, vous pouvez suivre le statut des attestations de salaire au niveau entreprise, tous collaborateurs confondus.

Consultez cette fiche pratique pour en savoir plus.

Dans certains cas, PayFit n’envoie pas d‘attestation de salaire à la CPAM :

Pour tous ces cas aucune attestation de salaire ne sera générée ni envoyée, vous pourrez également voir le statut "Envoi non nécessaire" dans la colonne "Attestation de salaire" de l'espace "Arrêts de travail" de l'onglet "Congés & Absences" de la fiche de votre collaborateur. Pour connaître la raison particulière pour laquelle aucune attestation de salaire n’a été envoyée pour un arrêt particulier, vous pouvez cliquer sur le statut dans la colonne "Attestation de salaire".

Si vous souhaitez en savoir plus sur les statuts d’attestation de salaire, consultez cette fiche aide.

Consultez cette fiche d'aide : Comment suivre les remboursements d'IJSS ?.